二周目开启后，咱们会先拿到老爸给的船票，这张票能让你在亚斯地区自由飞行。接着博士会过来帮忙升级图鉴为全国版，这时候就能用通信交换功能了，不过要注意梦幻地区暂时不支持交换。记得先去把御三家抓齐，然后直奔水静市乘船，会遇到亚希达拿到第二张船票，这张票能带你去对战开拓区。到了开拓区记得先激活设施地图，优先挑战对战塔，这里需要准备四个精灵进行双打，打完别急着休息容易翻车，连胜能拿到不少对战点数。
对战工厂是另一个重点，系统会提供六只精灵让你选三个组队，建议优先选神兽级别的精灵，特别是噩梦神这种强力选手。打到第五轮和第七轮会遇到场长，准备好针对性阵容。打巨蛋相对简单，因为能提前看到对手阵容，根据属性克制调整出战顺序就行。如果遇到神兽队打不过，先存档等精灵练强再回来挑战。通关四次后会遇到隐藏对手wodan，打赢能拿到银象征和15个对站点。
二周目隐藏要素主要集中在天空之柱，从131航道游进去找到缺口，右边小岛有个洞口就是入口。这里能遇到裂空坐，记得带够高级球和状态药。古辰遗迹也是必去地点，用古辰宝珠打开石门后能收服古空棘鱼，之前需要先解决熔岩队抢宝珠的支线。石之洞窟能挖到爪子和根状化石，交给化石老头能换贵重骨头，顺路还能遇到得文公司的大吾拿到金色珍珠。
资源收集方面，凯那市支线可以拿到吼鲸王道具和星星碎片，但要注意食物失窃任务需要很多探索次数。武斗镇山男会带你去新挖通的石之洞窟道路，碎岩技能在紫堇市道馆获取。琉璃市触发永恒之花任务后，记得回卡那兹市找科学家制作无限能量，需要先去天空之柱收集裂空坐带来的陨石碎片。水静市商店更新了二周目专属道具，特别是各种进化石记得补货。
队伍培养建议以70级为基准，通关阵容最好包含电系应对水系馆主，冰系对付龙天王。开拓区设施会测试不同战术，工厂侧重临时组队配合，巨蛋考验属性克制理解，金字塔需要续航能力。如果发现NPC阵容强度突变，可能是漏了某些强化道具，比如在流星瀑布能捡到提升龙系威力的龙牙。记得定期回战斗边境恢复状态，那里有免费治疗点。
